Το Δίκτυο Συνεργαζόμενων Εργαστηρίων περιλαμβάνει, εκτός του Τμήματος Εποπτείας Ραδιενέργειας Περιβάλοντος της ΕΕΑΕ, τα εξής εργαστήρια:

• ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος», Ινστιτούτο ΙΠΡΕΤΕΑ Εργαστήριο Ραδιενέργειας Περιβάλλοντος
• Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ), Ινστιτούτο Ωκεανογραφίας
• Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, Σχολή Μηχανολόγων – Μηχανικών, Τομέας Πυρηνικής Τεχνολογίας
• Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Πολυτεχνική Σχολή, Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Εργαστήριο Πυρηνικής Τεχνολογίας
• Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Τμήμα Φυσικής, Εργαστήριο Ατομικής και Πυρηνικής Φυσικής
• Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, Τμήμα Φυσικής, Εργαστήριο Πυρηνικής Φυσικής
• Πολυτεχνείο Κρήτης, Γενικό Τμήμα, Εργαστήριο Αναλυτικής Περιβαλλοντικής Χημείας
• Ε.Κ. “ΑΘΗΝΑ”, Παράρτημα Ξάνθης, Εργαστήριο Αρχαιομετρίας και Φυσικοχημικών Μετρήσεων

Η ΕΕΑΕ συνεργάζεται και ανταλλάσσει πληροφορίες με κάθε δημόσια αρχή, ιδιαίτερα με τα Υπουργεία που ασκούν ρυθμιστική αρμοδιότητα στον τομέα ευθύνης της.