Η διοίκηση της ΕΕΑΕ ασκείται από επταμελές διοικητικό συμβούλιο. Η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου είναι η ακόλουθη:
Χρήστος Χουσιάδας, Διευθυντής Ερευνών, ΕΚΕΦΕ “Δημόκριτος”
Νικόλαος Καλλίθρακας – Κόντος, Ομότιμος Καθηγητής Σχολής Μηχανικών Ορυκτών Πόρων Πολυτεχνείου Κρήτης
Βασίλειος Κονδύλης, Καθηγητής Νομικής Σχολής Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών
Γεώργιος Χρυσανθόπουλος, Δικηγόρος
Μάριος Αναγνωστάκης, Καθηγητής Σχολής Μηχανολόγων Μηχανικών, τομέας Πυρηνικής Τεχνολογίας, Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο
Ανδρέας Φωτόπουλος, Ομότιμος Καθηγητής Πυρηνικής Ιατρικής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων
Απόστολος Καραντάνας, Καθηγητής Ακτινολογίας, Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Κρήτης