Η διοίκηση της ΕΕΑΕ ασκείται από επταμελές διοικητικό συμβούλιο. Η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου είναι η ακόλουθη:

Πρόεδρος

Χρήστος Χουσιάδας, Διευθυντής Ερευνών, ΕΚΕΦΕ "Δημόκριτος"

Αντιπρόεδρος

Νικόλαος Καλλίθρακας - Κόντος, Καθηγητής Σχολής Μηχανικών Ορυκτών Πόρων Πολυτεχνείου Κρήτης

Μέλη

Βασίλειος Κονδύλης, Καθηγητής Νομικής Σχολής Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών

Γεώργιος Χρυσανθόπουλος, Δικηγόρος

Μάριος Αναγνωστάκης, Καθηγητής Σχολής Μηχανολόγων Μηχανικών, τομέας Πυρηνικής Τεχνολογίας, Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο

Ανδρέας Φωτόπουλος, Καθηγητής Πυρηνικής Ιατρικής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων

Απόστολος Καραντάνας, Καθηγητής Ακτινολογίας, Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Κρήτης