Σε εθνικό επίπεδο, το προσωπικό της ΕΕΑΕ συμμετέχει σε επιτροπές λήψης αποφάσεων για θέματα ακτινοβολιών, συνεισφέροντας με τον τρόπο αυτό τόσο την ρυθμιστική οπτική της ΕΕΑΕ όσο και την τεχνογνωσία του.
Το προσωπικό της ΕΕΑΕ συμμετέχει μεταξύ άλλων στις ακόλουθες επιτροπές:
- 9μελής Επιτροπή ιοντιζουσών και μη ιοντιζουσών ακτινοβολιών του Υπουργείου Υγείας
- 5μελής Εξεταστική Επιτροπή για τη χορήγηση άδειας άσκησης επαγγέλματος Φυσικού Ιατρικής
- Συντονιστική Επιτροπή του Π.Μ.Σ. στην Ιατρική Φυσική – Ακτινοφυσική
- Τεχνική Επιτροπή (ΤΕ) 75 του ΕΛΟΤ «Έκθεση των ανθρώπων στα Ηλεκτρομαγνητικά Πεδία»
- Τεχνική Επιτροπή (ΤΕ) 75/ΟΕ2 του ΕΛΟΤ «Προστασία από την Έκθεση στα Ηλεκτρομαγνητικά Πεδία – Συνεγκατάσταση Κεραιών Σταθμών Ραδιοεπικοινωνιών»
Στο πλαίσιο του ελέγχου της ραδιενέργειας περιβάλλοντος και της αντιμετώπισης καταστάσεων έκτακτης ανάγκης σε όλη τη χώρα, η ΕΕΑΕ συνεπικουρείται από το δίκτυο των συνεργαζομένων με αυτήν Εργαστηρίων:
- ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος», Ινστιτούτο Πυρηνικών και Ραδιολογικών Επιστημών και Τεχνολογίας, Ενέργειας και Ασφάλειας (ΙΠΡΕΤΕΑ), Εργαστήριο Ραδιενέργειας Περιβάλλοντος
- Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, Σχολή Μηχανολόγων – Μηχανικών, Τομέας Πυρηνικής Τεχνολογίας
- Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Πολυτεχνική Σχολή, Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Εργαστήριο Πυρηνικής Τεχνολογίας
- Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Τμήμα Φυσικής, Εργαστήριο Ατομικής και Πυρηνικής Φυσικής
- Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, Τμήμα Φυσικής, Εργαστήριο Πυρηνικής Φυσικής
- Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, Ιατρική Σχολή, Εργαστήριο Ιατρικής Φυσικής
- Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Η/Υ, Εργαστήριο Πυρηνικής Τεχνολογίας
- Πολυτεχνείο Κρήτης, Γενικό Τμήμα, Εργαστήριο Αναλυτικής & Περιβαλλοντικής Χημείας
- Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας, Εργαστήριο Μετρήσεων Ραδιενέργειας
- Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ), Ινστιτούτο Ωκεανογραφίας
Η ΕΕΑΕ συνεργάζεται και ανταλλάσσει πληροφορίες με κάθε δημόσια αρχή, ιδιαίτερα με τα Υπουργεία που ασκούν ρυθμιστική αρμοδιότητα στον τομέα ευθύνης της.