Η ιστορία του ονόματος της ΕΕΑΕ ξεκινά το 1954, έτος κατά το οποίο ιδρύθηκε για πρώτη φορά στην Ελλάδα φορέας "προς συντονισμόν, προώθησιν και έλεγχον των επιστημονικών και τεχνικών μελετών, ως και των πάσης φύσεως εργασιών των σχετικών προς την άμεσον ή έμμεσον χρησιμοποίησιν εν Ελλάδι της ατομικής ενεργείας", με τον ν. 2750 "Περί ιδρύσεως Ελληνικής Επιτροπής Ατομικής Ενεργείας".

Με τον ν.1514/1985 προβλέφθηκε ο διαχωρισμός της EEAE από το ερευνητικό κέντρο ΕΚΕΦΕ "Δημόκριτος". Επρόκειτο για μια πρωτοποριακή για τα δεδομένα της εποχής προσέγγιση, καθώς προνοήθηκε ο διαχωρισμός του φορέα που ασκεί εποπτεία και έλεγχο από τους φορείς που εξασκούν πρακτικές με χρήση ακτινοβολιών ή λειτουργούν εγκαταστάσεις με ακτινοβολίες, κάτι που σήμερα αποτελεί θεμελιώδη κανόνα των διεθνών προτύπων για την ακτινοπροστασία και πυρηνική ασφάλεια.

Εν τέλει, το 1987, έγινε η ανασύστασή της ως αρμόδια αρχή με εποπτικό και ελεγκτικό ρόλο και με τον πρόσφατο ν. 4310/2014 εξελίχθηκε σε ρυθμιστική αρχή με ανεξαρτησία, σύμφωνα και με τα όσα ισχύουν διεθνώς.  

Κάποια από τα καθοριστικά σημεία για την πορεία και την εξέλιξη από το 1954 έως σήμερα παρουσιάζονται στο ακόλουθο σχήμα.